Le récit est la continuité de Marvel's Spider-Man, où Miles Morales (Nadji Jeter) est mordu par une araignée génétiquement améliorée lui permettant d'obtenir des pouvoirs semblables à ceux de Peter Parker(Yuri Lowenthal)5,6. Les évènements du jeu se déroule un an après ceux du premier volet, Morales a reçu un entraînement de la part de Parker et ne vit plus à Brooklyn mais à Harlem5,7.
Dans la bande-annonce, Miles possède son costume traditionnel Spider-Man noir et rouge et combat les criminels en tant que Spider-Man expérimenté, mettant en valeur son aiguillon venimeux et ses superpuissances d'invisibilité. Parker dit à Miles qu'il doit être comme son père et marcher sur la voie de devenir un héros pour la ville de New York8.
